La Renaissance  et le pouvoir absolu remis en cause par les protestants
Non seulement les tentatives de conquêtes italiennes permettent aux Français de découvrir les lumières d'Italie et d'accueillir les courants artistiques de la renaissance italienne mais aussi les écrits d'humanistes tels le Flamant Erasme  vont remettre en cause la façon de penser et surtout de penser par soi même.  Cependant, la renaissance remet en lumière les écrivains grecs et latins , époque où les travaux manuels étaient réalisés par des esclaves. Les artisans et ouvriers français se voient alors traités de "viles personnes" et vont être exclus des fonctions municipales. Une conscience de classe va naître.
 Remise en cause suprême, la réforme qui remet en cause la religion Catholique ciment du pays et de l'unité de la nation
 

Portrait de Charles 9 - Ecole française du 16ème siècle
Musée du Château de Versailles
Les grands noms de l'Histoire - Catherine de Médicis - ed du Rocher

Il n'a que 10 ans lorsque son frère meurt en 1560. Sa mère, Catherine de Médicis, assurera la régence jusqu'en 1563 mais son influence restera prépondérante pendant tout le règne de Charles 9.

Catherine chercha toujours, aidée de Michel de l'Hospital,  à concilier les uns avec les autres. Elle tenta de concilier les deux églises en organisant le colloque de Poissy (septembre 1561)  mais cela ne fit qu'empirer les choses. Pour les "Guise" la France ne pouvait être que catholique. En mars 1562 le hasard fit tomber les Guises et leur escorte sur une grange dans laquelle les protestants étaient réunis pour célébrer leur culte dans le village de Wassy en Champagne. Ils les passèrent au fil de l'épée (plusieurs dizaines de morts et cent blessés). Cet évènement inaugure une période de 36 années de guerre de religion.

Au massacre de Wassy les protestants répondent par l'assassinat du duc François de Guise en 1563 ce qui suscita des troubles. Lorsqu'ils se calmèrent, Catherine de Médicis promulgua l'édit d'Amboise cette même année. Cet édit accorde aux nobles la liberté de culte dans leur domaine mais la refuse toujours aux gens du peuple.

La majorité de Charles 9  est proclamée le 17 août 1563. Le 13 mars 1564, Catherine de Médicis et le roi Charles 9 accompagnés d'une suite d'un millier de personnes, entreprennent un tour de France qui durera plus de 2 ans  pour tenter de renforcer la cohésion du royaume.

En 1567 les protestants tentent de s'emparer du roi, la guerre reprend, les catholiques en sortent vainqueurs à Saint Denis et la paix est signée à Longjumeau en 1568. Le renvoi de Michel de l'Hospital rallume la guerre, les protestants sont battus à Jarnac et Moncontour en 1569. Au cours de ces batailles, Condé est tué. Le prince de Condé , Louis 1er de Bourbon était le général en chef des Huguenots.
Catherine traite avec les protestants en 1570 elle leur accorde des "places de sûreté": Montauban, La Rochelle, Cognac, La Charité-sur-Loire par l' Édit de Saint Germain.

Gaspard de Coligny qui avait vécu son enfance à la cour de François 1er dont l'Espagne et particulièrement Charles Quint était l'ennemi héréditaire est fait Amiral de France en 1552 par Henri 2 suite à une victoire contre les espagnols. En 1557 , enfermé dans Saint-Quentin par l'armée de Charles Quint, qui mourra en 1558,  il doit se rendre. Cette défaite entraînera le traité de Cateau-Cambrésis (1559). Il se convertit progressivement au protestantisme mais condamne la violence. Il pousse Catherine de Médicis à adopter une politique de conciliation mais devient l'ennemi d'Henri de Guises (fils de François) dit le balafré . En 1562 la guerre éclate entre catholiques et protestants, engagé aux cotés du prince de Condé, Il négocie une aide financière de Elisabeth d'Angleterre en échange de quoi il lui cède le port du Havre. Cet acte au profit de l'ennemi héréditaire de la France lui sera reproché même par les réformés. Cette "trahison" ainsi que sa participation à la guerre des religions en fait un personnage détesté des catholiques. Il revient à la cour en 1571 où il va tenter de décider Catherine et Charles de relancer la guerre contre les espagnols en venant en aide "aux gueux" des Pays Bas
Les Pays Bas, qui sont sous la coupe de l'Espagne, connaissent "la révolte des gueux" les révoltés, dont une grande partie était des protestants,  avaient pris ce nom lorsqu' un conseiller de la régente, Marguerite de Parme, pour la rassurer, avait assuré que ce n'était que des gueux. Une partie de ces gueux avait été massacrés en 1566. En 1568 deux comtes, bien que catholiques mais opposés au roi d' Espagne Philippe 2, furent exécutés sur la grand place de Bruxelles déclenchant une véritable guerre.
Pour Catherine une guerre contre l'Espagne fait courir à la France un grave péril d'autant plus que les caisses sont vides. De même les Guise ne veulent pas de guerre avec l'Espagne catholique. Coligny ne parviendra pas à décider Charles 9. Pour Catherine les chefs Huguenots deviennent des dangers

 Le 10 août 1572 on célèbre le mariage de Henri de Condé et de Marie de Clèves tous les deux sont protestants mais Marie est la soeur de la catholique Catherine de Guise. Marie qui est née en 1553 a vu mourir sa mère en 1559 et son père deux ou trois ans après. Son éducation fut confiée à Jeanne d'Albret protestante, soeur de François 1er et mère du futur Henri 4.  On prépare le mariage de Henri de Navarre avec la soeur du roi Marguerite de France dite Margot ( A la cour, les enfants jouaient des scénettes, dans l'une d'elles, Marguerite était appelée Margot, ce prénom lui est resté ) le contrat a été signé le 11 avril après des négociations entre Catherine de Médicis et Jeanne d'Albret.  C'en est trop pour les ligues catholiques qui préparent une riposte. Le mariage a lieu le 18 août, pour cette occasion de nombreux huguenots convergent à Paris. Les huguenots sont considérés comme des étrangers, ils sont armés, ne rient pas, ne dansent pas, on leur trouve une mine patibulaire . Les prêtres à l'église fulminent contre ce mariage "Dieu ne souffrira pas cet accouplement" .
Le 22 août au matin Coligny est blessé d'un tir d'arquebuse dont l'auteur est un membre de la famille des Guise

Le massacre de la Saint Barthélemy:
Dans ses mémoires, Marguerite écrit:
 

Marguerite n'était pas dans la confidence.  Ce texte montre que Marguerite n'était pas au courant mais la Reine Mère et la soeur de Marguerite, Claude de France duchesse de Loraine qui vivait souvent à la cour de France savaient. En fait, dans la journée, un conseil autour de Catherine décide qu'il serait bon de tuer tout les nobles Huguenots actuellement à Paris. Dans la journée on repère tous les endroits où sont logés des protestants. Le soir elle parvient, accompagnée du frère du roi le futur Henri 3 et quelques nobles à persuader le Roi de la nécessité d'éliminer les nobles Huguenots. Dans la nuit, 200 nobles périront

Le 24 août 1572, à 3 heures du matin, les parisiens sont réveillés par le tocsin Pour beaucoup de catholiques c'est signe que les huguenots attaquent. La réaction sera très violente les membres de le milice bourgeoise, des simples particuliers se jettent sur les protestants pensant que le roi soutient leur action. Après l'assassinat de Coligny le duc de Guise (Henri fils de François)  déclarera "le roi le commande" et ce sera un massacre.
Le roi approuvera le meurtre des huguenots de guerre mais celui des protestant du peuple, Catherine laissa faire. Le massacre se propagea à la province, notamment Lyon et Orléans. Ils eurent lieu jusqu'à début octobre Michelet dira " La Saint-Barthélemy n'est pas une journée , c'est une saison" ; Le nombre des victimes est probablement situé entre 20 à 30 000. Ceci eut pour effet d'inciter les protestants à fortifier leurs places. Les catholiques essayèrent de s'emparer de La Rochelle en vain. L'édit de Boulogne met fin à cette guerre en juillet 1573.

Le roi Charles 9 atteint par la tuberculose meurt en 1574, il a 24 ans. C'est son frère Henri qui prendra sa succession

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